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管理conda:
检查conda版本:
conda --version
升级当前版本的conda
conda update conda
管理环境
创建一个新的环境
conda create --name envname
示例
conda create --name python36 python=3.6
切换到新的环境
conda activate python36
返回前一个python环境
conda deactivate
显示已创建的环境
conda info -e
删除虚拟环境
conda remove --name envname --all
管理包
安装包
conda install gatk
open指令
open函数语法
open(name[, mode[, buffering]])
参数说明:
name : 一个包含了你要访问的文件名称的字符串值。
mode : mode 决定了打开文件的模式:只读,写入,追加等。所有可取值见如下的完全列表。这个参数是非强制的,默认文件访问模式为只读(r)。
buffering : 如果 buffering 的值被设为 0,就不会有寄存。如果 buffering 的值取 1,访问文件时会寄存行。如果将 buffering 的值设为大于 1 的整数,表明了这就是的寄存区的缓冲大小。如果取负值,寄存区的缓冲大小则为系统默认。
模式 | 描述 |
---|---|
t | 文本模式 (默认)。 |
x | 写模式,新建一个文件,如果该文件已存在则会报错。 |
b | 二进制模式。 |
+ | 打开一个文件进行更新(可读可写)。 |
U | 通用换行模式(不推荐)。 |
r | 以只读方式打开文件。文件的指针将会放在文件的开头。这是默认模式。 |
rb | 以二进制格式打开一个文件用于只读。文件指针将会放在文件的开头。这是默认模式。一般用于非文本文件如图片等。 |
r+ | 打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。 |
rb+ | 以二进制格式打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。一般用于非文本文件如图片等。 |
w | 打开一个文件只用于写入。如果该文件已存在则打开文件,并从开头开始编辑,即原有内容会被删除。如果该文件不存在,创建新文件。 |
wb | 以二进制格式打开一个文件只用于写入。如果该文件已存在则打开文件,并从开头开始编辑,即原有内容会被删除。如果该文件不存在,创建新文件。一般用于非文本文件如图片等。 |
w+ | 打开一个文件用于读写。如果该文件已存在则打开文件,并从开头开始编辑,即原有内容会被删除。如果该文件不存在,创建新文件。 |
wb+ | 以二进制格式打开一个文件用于读写。如果该文件已存在则打开文件,并从开头开始编辑,即原有内容会被删除。如果该文件不存在,创建新文件。一般用于非文本文件如图片等。 |
a | 打开一个文件用于追加。如果该文件已存在,文件指针将会放在文件的结尾。也就是说,新的内容将会被写入到已有内容之后。如果该文件不存在,创建新文件进行写入。 |
ab | 以二进制格式打开一个文件用于追加。如果该文件已存在,文件指针将会放在文件的结尾。也就是说,新的内容将会被写入到已有内容之后。如果该文件不存在,创建新文件进行写入。 |
a+ | 打开一个文件用于读写。如果该文件已存在,文件指针将会放在文件的结尾。文件打开时会是追加模式。如果该文件不存在,创建新文件用于读写。 |
ab+ | 以二进制格式打开一个文件用于追加。如果该文件已存在,文件指针将会放在文件的结尾。如果该文件不存在,创建新文件用于读写。 |
示例
f = open('test.txt')
file指令
file 对象使用 open 函数来创建,下表列出了 file 对象常用的函数:
序号 | 方法及描述 |
---|---|
1 | file.close()关闭文件。关闭后文件不能再进行读写操作。 |
2 | file.flush()刷新文件内部缓冲,直接把内部缓冲区的数据立刻写入文件, 而不是被动的等待输出缓冲区写入。 |
3 | file.fileno()返回一个整型的文件描述符(file descriptor FD 整型), 可以用在如os模块的read方法等一些底层操作上。 |
5 | file.next()返回文件下一行。 |
6 | file.read([size])从文件读取指定的字节数,如果未给定或为负则读取所有。 |
7 | file.readline([size])读取整行,包括 “\n” 字符。 |
8 | file.readlines([sizeint])读取所有行并返回列表,若给定sizeint>0,则是设置一次读多少字节,这是为了减轻读取压力。 |
9 | file.seek(offset[, whence])设置文件当前位置 |
10 | file.tell()返回文件当前位置。 |
11 | file.truncate([size])截取文件,截取的字节通过size指定,默认为当前文件位置。 |
12 | file.write(str)将字符串写入文件,返回的是写入的字符长度。 |
13 | file.writelines(sequence)向文件写入一个序列字符串列表,如果需要换行则要自己加入每行的换行符。 |
id()
描述
id() 函数返回对象的唯一标识符,标识符是一个整数。
CPython 中 id() 函数用于获取对象的内存地址。
语法
id 语法:
id([object])
参数说明:
object – 对象。
返回值
返回对象的内存地址。
实例
a = 'runoob'
id(a)
4531887632
b = 1
id(b)
140588731085608
str()
描述
str() 函数将对象转化为适于人阅读的形式。
语法
以下是 str() 方法的语法:
class str(object='')
参数
object – 对象。
返回值
返回一个对象的string格式。
实例
以下展示了使用 str() 方法的实例:
s = 'RUNOOB'
str(s)
'RUNOOB'
dict = {'runoob': 'runoob.com', 'google': 'google.com'};
str(dict)
"{'google': 'google.com', 'runoob': 'runoob.com'}"
Python for 循环语句
ython for循环可以遍历任何序列的项目,如一个列表或者一个字符串。
语法:
for循环的语法格式如下:
for iterating_var in sequence:
statements(s)
实例
for i in range(3):
print(i)
0
1
2
字符串
获取长度:len len函数可以获取字符串的长度。
查找内容:find 查找指定内容在字符串中是否存在,如果存在就返回该内容在字符串中第一次
出现的开始位置索引值,如果不存在,则返回-1
判断:startswith,endswith 判断字符串是不是以谁谁谁开头/结尾
计算出现次数:count 返回 str在start和end之间 在 mystr里面出现的次数
替换内容:replace 替换字符串中指定的内容,如果指定次数count,则替换不会超过count次。
切割字符串:split 通过参数的内容切割字符串
修改大小写:upper,lower 将字符串中的大小写互换
空格处理:strip 去空格
字符串拼接:join 字符串拼接
列表
- append 在末尾添加元素
- insert 在指定位置插入元素
- extend 合并两个列表
append
append会把新元素添加到列表末尾
#定义变量A,默认有3个元素
A = ['xiaoWang','xiaoZhang','xiaoHua']
print("‐‐‐‐‐添加之前,列表A的数据‐‐‐‐‐A=%s" % A)
#提示、并添加元素
temp = input('请输入要添加的学生姓名:')
A.append(temp)
print("‐‐‐‐‐添加之后,列表A的数据‐‐‐‐‐A=%s" % A)
insert
insert(index, object) 在指定位置index前插入元素object
strs = ['a','b','m','s']
strs.insert(3,'h')
print(strs) # ['a', 'b', 'm', 'h', 's']
extend
通过extend可以将另一个列表中的元素逐一添加到列表中
a = ['a','b','c']
b = ['d','e','f']
a.extend(b)
print(a) # ['a', 'b', 'c', 'd', 'e', 'f'] 将 b 添加到 a 里
print(b) # ['d','e','f'] b的内容不变
修改
#定义变量A,默认有3个元素
A = ['xiaoWang','xiaoZhang','xiaoHua']
print("‐‐‐‐‐修改之前,列表A的数据‐‐‐‐‐A=%s" % A)
#修改元素
A[1] = 'xiaoLu'
print("‐‐‐‐‐修改之后,列表A的数据‐‐‐‐‐A=%s" % A)】
查找
- in(存在),如果存在那么结果为true,否则为false
- not in(不存在),如果不存在那么结果为true,否则false
#待查找的列表
nameList = ['xiaoWang','xiaoZhang','xiaoHua']
#获取用户要查找的名字
findName = input('请输入要查找的姓名:')
#查找是否存在
if findName in nameList:
print('在列表中找到了相同的名字')
else:
print('没有找到')
删除元素
- del:根据下标进行删除
- pop:删除最后一个元素
- remove:根据元素的值进行删除
del
movieName = ['加勒比海盗','骇客帝国','第一滴血','指环王','霍比特人','速度与激情']
print('‐‐‐‐‐‐删除之前‐‐‐‐‐‐movieName=%s' % movieName)
del movieName[2]
print('‐‐‐‐‐‐删除之后‐‐‐‐‐‐movieName=%s' % movieName)
pop
movieName = ['加勒比海盗','骇客帝国','第一滴血','指环王','霍比特人','速度与激情']
print('‐‐‐‐‐‐删除之前‐‐‐‐‐‐movieName=%s' % movieName)
movieName.pop()
print('‐‐‐‐‐‐删除之后‐‐‐‐‐‐movieName=%s' % movieName)
remove
movieName = ['加勒比海盗','骇客帝国','第一滴血','指环王','霍比特人','速度与激情']
print('‐‐‐‐‐‐删除之前‐‐‐‐‐‐movieName=%s' % movieName)
movieName.remove('指环王')
print('‐‐‐‐‐‐删除之后‐‐‐‐‐‐movieName=%s' % movieName)
元组
Python的元组与列表类似,不同之处在于元组的元素不能修改。元组使用小括号,列表使用方括号。
>>> aTuple = ('et',77,99.9)
>>> aTuple
('et',77,99.9)
定义只有一个数据的元组
定义只有一个元素的元组,需要在唯一的元素后写一个逗号
>>> a = (11)
>>> a
11
>>> type(a)
int
>>> a = (11,) # 只有一个元素的元组,必须要在元素后写一个逗号
>>> a
(11,)
>>> type(a)
tuple
切片
切片是指对操作的对象截取其中一部分的操作。字符串、列表、元组都支持切片操作。
切片的语法:[起始:结束:步长],也可以简化使用 [起始:结束]
注意:选取的区间从”起始”位开始,到”结束”位的前一位结束(不包含结束位本身),步长表示选取间隔。
# 索引是通过下标取某一个元素
# 切片是通过下标去某一段元素
s = 'Hello World!'
print(s)
print(s[4]) # o 字符串里的第4个元素
print(s[3:7]) # lo W 包含下标 3,不含下标 7
print(s[1:]) # ello World! 从下标为1开始,取出 后面所有的元素(没有结束位)
print(s[:4]) # Hell 从起始位置开始,取到 下标为4的前一个元素(不包括结束位本身)
print(s[1:5:2]) # el 从下标为1开始,取到下标为5的前一个元素,步长为2(不包括结束位本身
字典
查看元素
除了使用key查找数据,还可以使用get来获取数据
info = {'name':'班长','age':18}
print(info['age']) # 获取年龄
# print(info['sex']) # 获取不存在的key,会发生异常
print(info.get('sex')) # 获取不存在的key,获取到空的内容,不会出现异常
print(info.get('sex', '男')) # 获取不存在的key, 可以提供一个默认值。
修改元素
字典的每个元素中的数据是可以修改的,只要通过key找到,即可修改
info = {'name':'班长', 'id':100}
print('修改之前的字典为 %s:' % info)
info['id'] = 200 # 为已存在的键赋值就是修改
print('修改之后的字典为 %s:' % info)
结果:
修改之前的字典为 {'name': '班长', 'id': 100}
修改之后的字典为 {'name': '班长', 'id': 200}
添加元素
如果在使用 变量名[‘键’] = 数据 时,这个“键”在字典中,不存在,那么就会新增这个元素
demo:添加新的元素
info = {'name':'班长'}
print('添加之前的字典为:%s' % info)
info['id'] = 100 # 为不存在的键赋值就是添加元素
print('添加之后的字典为:%s' % info)
结果:
添加之前的字典为:{'name': '班长'}
添加之后的字典为:{'name': '班长', 'id': 100}
删除元素
- del
- clear()
del删除指定的元素
info = {'name':'班长', 'id':100}
print('删除前,%s' % info)
del info['name'] # del 可以通过键删除字典里的指定元素
print('删除后,%s' % info)
结果:
删除前,{'name': '班长', 'id': 100}
删除后,{'id': 100}
clear清空整个字典:
info = {'name':'monitor', 'id':100}
print('清空前,%s'%info)
info.clear()
print('清空后,%s'%info)
结果:
清空前,{'name': 'monitor', 'id': 100}
清空后,{}
定义函数
def 函数名():
4代码
文件
打开文件/创建文件
在python,使用open函数,可以打开一个已经存在的文件,或者创建一个新文件
open(文件路径,访问模式)
示例如下:
f = open('test.txt', 'w')
- 绝对路径:指的是绝对位置,完整地描述了目标的所在地,所有目录层级关系是一目了然的。
- 例如: E:\python ,从电脑的盘符开始,表示的就是一个绝对路径。
- 相对路径:是从当前文件所在的文件夹开始的路径。
- test.txt ,是在当前文件夹查找 test.txt 文件
- ./test.txt ,也是在当前文件夹里查找 test.txt 文件, ./ 表示的是当前文件夹。
- ../test.txt ,从当前文件夹的上一级文件夹里查找 test.txt 文件。 ../ 表示的是上一级文件夹
- demo/test.txt ,在当前文件夹里查找 demo 这个文件夹,并在这个文件夹里查找 test.txt 文件。
写数据(write)
使用write()可以完成向文件写入数据
新建一个文件 file_write_test.py ,向其中写入如下代码:
f = open('test.txt', 'w')
f.write('hello world, i am here!\n' * 5)
f.close()
读数据(read)
使用read(num)可以从文件中读取数据,num表示要从文件中读取的数据的长度(单位是字节),如果没有传入
num,那么就表示读取文件中所有的数据
demo: 新建一个文件 file_read_test.py ,向其中写入如下代码:
f = open('test.txt', 'r')
content = f.read(5) # 最多读取5个数据
print(content)
print("‐"*30) # 分割线,用来测试
content = f.read() # 从上次读取的位置继续读取剩下的所有的数据
print(content)
f.close() # 关闭文件,这个可是个好习惯哦
结果:
hello
‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐
world, i am here
- 如果用open打开文件时,如果使用的”r”,那么可以省略 open(‘test.txt’)
读数据(readline)
readline只用来读取一行数据。
f = open('test.txt', 'r')
content = f.readline()
print("1:%s" % content)
content = f.readline()
print("2:%s" % content)
f.close()
读数据(readlines)
readlines可以按照行的方式把整个文件中的内容进行一次性读取,并且返回的是一个列表,其中每一行为列表的
一个元素。
f = open('test.txt', 'r')
content = f.readlines()
print(type(content))
for temp in content:
print(temp)
f.close()
使用JSON实现序列化
JSON提供了dump和dumps方法,将一个对象进行序列化。
dumps方法的作用是把对象转换成为字符串,它本身不具备将数据写入到文件的功能
import json
file = open('names.txt', 'w')
names = ['zhangsan', 'lisi', 'wangwu', 'jerry', 'henry', 'merry', 'chris']
# file.write(names) 出错,不能直接将列表写入到文件里
# 可以调用 json的dumps方法,传入一个对象参数
result = json.dumps(names)
# dumps 方法得到的结果是一个字符串
print(type(result)) # <class 'str'>
# 可以将字符串写入到文件里
file.write(result)
file.close()
dump方法可以在将对象转换成为字符串的同时,指定一个文件对象,把转换后的字符串写入到这个文件里。
import json
file = open('names.txt', 'w')
names = ['zhangsan', 'lisi', 'wangwu', 'jerry', 'henry', 'merry', 'chris']
# dump方法可以接收一个文件参数,在将对象转换成为字符串的同时写入到文件里
json.dump(names, file)
file.close()
使用JSON实现反序列化
使用loads和load方法,可以将一个JSON字符串反序列化成为一个Python对象。
loads方法需要一个字符串参数,用来将一个字符串加载成为Python对象。
import json
# 调用loads方法,传入一个字符串,可以将这个字符串加载成为Python对象
result = json.loads('["zhangsan", "lisi", "wangwu", "jerry", "henry", "merry", "chris"]')
print(type(result)) # <class 'list'>
load方法可以传入一个文件对象,用来将一个文件对象里的数据加载成为Python对象。
import json
# 以可读方式打开一个文件
file = open('names.txt', 'r')
# 调用load方法,将文件里的内容加载成为一个Python对象
result = json.load(file)
print(result)
file.close()